Six thèmes ont principalement été développés :

L'entrée en Résistance, moment déterminant pour Grenoble. Peu de villes françaises font état d'un aussi large éventail des situations et groupes dans lesquels naît la Résistance.

Les maquis et la place prépondérante qu'ils occupent dans l'Isère dès 1943. Tous communiquent par Grenoble baptisée à ce titre "capitale des maquis".

La situation des Juifs à Grenoble et en Isère, des années trente à l'occupation allemande.

La répression qui frappe durement les responsables des principaux mouvements de la Résistance, notamment à la fin de l'année 1943 (lors de la "Saint Barthélemy grenobloise") et la déportation bien sûr, qui révèle la monstruosité de la logique nazie.

La Libération et le rôle du Comité Départemental de Libération Nationale qui naît de la réunion "Monaco", où les représentants de la Résistance décident d'unir leur action autour des valeurs républicaines.

L'actualité de l'action de Résistance enfin, car aujourd'hui, les idées nazies n'ont toujours pas disparu, plusieurs pays subissent le joug des totalitarismes et des intégrismes.

Chronologique, le parcours de la visite se décline selon les trois niveaux du Musée.
Au rez-de-chaussée : une première séquence, consacrée à la naissance et au déroulement du conflit mondial vécus depuis Grenoble et l'Isère. Événement marquant de cette période : la visite du Maréchal Pétain à Grenoble, le 19 mars 1941, dont un film vidéo amateur retrace les moments importants.

Au premier étage : Le visiteur se trouve transporté dans plusieurs milieux, différents et cloisonnés, où naît l'idée de la Résistance. Six univers sont reconstitués. Le visiteur traverse par exemple une ruelle de Grenoble, lieu de manifestations des étudiants et autres mouvements de jeunesse, la salle à manger de Marie Reynoard (responsable de la section iséroise "Combat"), le bureau de René Gosse, doyen de la Faculté des sciences de Grenoble (membre du Réseau "Marco Polo")... etc.

Le parcours continue avec une présentation des maquis de l'Isère, sur une carte en relief où apparaissent, à la commande du visiteur, les maquis, les sabotages, les parachutages...

Au deuxième étage : Le fil du temps reprend avec la présentation des événements tragiques qui marquent l'occupation allemande : collaboration, sabotages, répression et déportation. Un des moments forts du parcours : les trois portes des cellules aménagées par la Gestapo dans l'immeuble du 28 cours Berriat à Grenoble, chargées des inscriptions de ceux qui connurent ces cachots. Le parcours s'achève sur la Libération et la restauration des valeurs républicaines. Un espace évoque l'actualité des valeurs de la
Résistance au nom desquelles des peuples continuent aujourd'hui encore à se battre.

Au terme de trente années d'acquisitions et de dons, plus de cinq mille pièces, objets et documents composent la collection du Musée. Un fond précieux par son ancienneté mais aussi par la représentativité et la qualité des documents : plus de quatre-vingt affiches, des dessins originaux, de nombreuses photographies, des imprimés (tracts, rapports, brochures), des titres de la presse régionale (dont certaines collections complètes comme pour "les Allobroges") et bien sûr des objets (matériel de sabotage et de transmission, objets de la vie quotidienne sous l'occupation, etc.)

Ce fonds a été complété à partir de 1990 par des archives sonores composées d'interviews d'une centaine d'anciens résistants et déportés. Dûment inventoriées dans le cadre d'un inventaire informatisé, ces collections ont été déclarées d'intérêt public le 17 juin 1993 par le Conseil artistique de la Direction des Musées de France. Cette reconnaissance confère au Musée de la Résistance et de la Déportation de l'Isère le statut de "musée contrôlé" puis, celui de "Musée de France".