L'église actuelle fut achevée en 1513, sur l'emplacement d'autres édifices religieux bien plus anciens, la première mention écrite du site remontant à 866 et les mobiliers archéologiques retrouvés laissant supposer l'existence d'un temple de Mercure au même endroit. Elle a subi au cours des siècles de multiples modifications plus ou moins heureuses qui ont aboutis à l'aspect extérieur curieux qu'elle montre aujourd'hui.

L'intérêt majeur de Lemenc réside dans sa crypte, qui représente l'un des témoignages les plus anciens de la chrétienté en Savoie, et constitue toujours une énigme pour les archéologues. Elle se compose d'une rotonde pré-romane datée du IXe siecle, dont le centre est occupé par un édicule orné de six colonnes. La fonction de cet élément (baptistère, reliquaire monumental...) divise encore aujourd'hui les spécialistes.
La rotonde est prolongée par trois nefs romanes aux murs très épais et d'un tracé irrégulier étonnant. Sur la voûte de la nef centrale, des restaurations récentes ont permis de mettre à jour des peintures murales exécutées autour de 1510, elles aussi assez énigmatiques.
Enfin ces nefs débouchent sur une crypte gothique beaucoup plus récente, puisque réalisée après l'incendie de l'église en 1445. Au fond de cette crypte se trouve une spectaculaire "Mise au Tombeau" en calcaire polychrome, malheureusement abimée par les révolutionnaires français en 1792.