Après plusieurs années de réclamations, de pétitions, de révoltes même, l'ordonnance royale de 1775 transforme la chapelle en église succursale de la paroisse de Grézieu. La même année est nommé un vicaire pour desservir cette église.
Jusqu'en 1792, la "fabrique", assemblée des habitants élus pour s'occuper des affaires de l'église, gère convenablement l'église de Craponne. Le gouvernement révolutionnaire fait interrompre un temps les services religieux et ensuite il faut de nouveau réclamer l'indépendance spirituelle de Craponne.
C'est l'ordonnance royale de 1828 qui créera définitivement la succursale de Craponne.
L'actuelle église Saint Fortunat est née de la volonté de tous les curés de Craponne qui se sont succédés. C’est le projet du Père Chavana (curé de 1930 à 1955) qui aboutit, porté par le dynamisme du Père Muller. L’église est consacrée au culte par le Cardinal Gerlier, le 28 août 1955. Il reviendra trois ans plus tard pour y bénir les cloches refondues de l'ancienne église.
La nouvelle église Saint Fortunat permet d’accueillir 600 personnes, et est cette fois-ci entièrement dédiée à Saint Fortunat, saint évêque de Poitiers vers 597. A l'extérieur, sur le tympan de l'église, le sculpteur Pierre Roiret l’a représenté veillant sur des enfants malades, comme le veut la tradition.
Dans la commune, sa fête était célébrée le dernier dimanche d'août au cours d’un pélerinage, où ses reliques étaient portées en procession et où son nom était invoqué pour la guérison des enfants malades qu’on appelait alors « débiles ». C’est ainsi que pendant des décennies, le bourg de Craponne fut un lieu de pélerinage. Tous les habitants des alentours et des Monts du Lyonnais venaient demander la bénédiction du Saint pour leurs enfants. La dévotion était grande, d'autant que des guérisons miraculeuses lui furent attribuées.