On sait qu'il existait dès 1200 une église à Flumet dédiée à Saint Théodule. Située dans l'enceinte médiévale du bourg, elle fut détruite par l'incendie de 1679, mais le clocher en pierres taillées et la façade Est semblent avoir été conservés.
L'espace interieur est constitué d'une nef et d'une travée unique. Le choeur est très vaste puisqu'il existait un Chapitre de neufs prêtres. A l'entrée du choeur se trouve une loggia reservée autrefois à la famille noble De Riddes.
Les voûtes sont recouvertes de fresques bibliques peintes par Clément Giacobini au 19e siècle.
Le riche mobilier date pour l'essentiel des 17e et 18e siècles ( fonts baptismaux, croix de la passion, poutre de gloire, chaire où Saint François de Sales a prêché, tableau de la Sainte Famille, statuaire, etc. )
Dans la travée sont disposés trois autels d'inspiration baroque datant du 19e siècle et dédiés respectivement aux saints Antoine, à la Vierge et aux trois saints évêques (Théodule, François de Sales et Guérin).
Le maître-autel, dédié à Saint Théodule, a été réalisé en 1809 par les Valsésiens Broccio, Viotti et Gilardi. Exubérant et richement décoré, son plan en baldaquin unique en Savoie (avec celui de saint-Nicolas-la-Chapelle) en fait une pièce rare de l'art baroque savoyard.