Jadis située sur le territoire de Feyzin, il s'est d'abord agi d'une dépendance, le prieuré des Vignettes, de l'Abbaye de Hautecombe. On le retrouve mentionné dans un acte de donation datant de 1210. En 1616, les Vignettes furent acquises par le sieur de Saint-Agnin, d'où le nom actuel du château. Aujourd'hui, le château laisse entrevoir sa tour qui semble datée du 13ème siècle.