A l'époque carolingienne, la féodalité se mit en place. Une famille noble, sous la suzeraineté des comtes de Bourgogne, apparut à la tête de la terre de Coligny. Ses premiers seigneurs, connus vers 868, portaient le nom de Manassès. Le premier document mentionnant le château date de 974.
Démantelé par les troupes de Louis XI après la guerre franco-bourguigonne de 1477-1479, ses pierres furent utilisées pour la construction de certains maisons du Vieux-Coligny. La Comtesse Léopoldine Eberhardine, dame de Coligny-le-Neuf, épouse de Charles-Léopold de Sandersleden, y fut inhumée en 1786, selon sa volonté, le rocher du Marquisat étant sa propriété. Elle était marquise de Coligny-le-Vieux. Au cours du XIXe siècle, le rocher fut recouvert de vignes. Aujourd'hui en friche, il borde l'ancienne route royale.