En 1838, la commune échange à la famille Deprez-Crassier une parcelle de terrain en bordure de la route royale contre plusieurs communaux. François Michaud, maire de Pouilly-Saint-Genis de 1858 à 1861 et Aristide Vuaillet, maire de 1861 à 1886, s'attèlent à la lourde charge de construire la mairie. Les travaux se déroulent entre 1864 et 1865. Une horloge publique est placée au fronton de l'entrée. En 1879, un petit clocher est ajouté au faîte du toit.
André Bachet, entrepreneur à Satigny et Louis-Delphin Odobey-Cadet, horloger à Morez, construisent la charpente et l'horloge, réceptionnée le 13 février 1881.
140 années après sa création, ce bâtiment a toujours une utilité publique, et abrite désormais le Centre de Loisirs de la ville.